Exim yapılandırma dosyası genel tanımlarla başlar (buna ana bölüm diyeceğiz) ve çeşitli alt bölümlerden oluşur[43].
Bu alt bölümlerin her biri şöyle bir satırla başlar:
begin bölümismi
Zamanımızın çoğunu acl bölümünde (begin acl ile başlayan bölüm) harcayacağız; ama dosyanın başındaki ana bölüm ile transports ve routers bölümlerine de bir kaç öğe ekleyecek ya da bazılarında değişiklik yapacağız.
[43] Debian kullanıcılarının dikkatine:exim4-config paketi Exim yapılandırmasını tek bir yapılandırma dosyası halinde mi tutacağınızı yoksa /etc/exim4/conf.d altındaki çeşitli dizinlere ve dosyalara bölünmüş olarak mı tutacağınızı seçme imkanı tanır.
Eğer, çok dosyalı yapılandırmayı seçerseniz (ben bunu öneriyorum!), exim4-config ile sağlanan dosyalara dokunmadan (içeriklerini değiştirmeden) bu alt dizinlere kendi oluşturduğunuz dosyaları ekleyerek yapılandırmayı özelleştirebilirsiniz. Örneğin, RCPT TO: komutu için kendi ACL'nizi belirtmek isterseniz, /etc/exim4/conf.d/acl/80_local-config_rcpt_to isimli bir dosya oluşturabilirsiniz (bkz. acl_rcpt_to).
Exim başlatma betiği (/etc/init.d/exim4) her çalıştırılışında bu dosyalardan büyükçe ve tek bir çalışma anı yapılandırma dosyası oluşturur.