Bazı sistemler configure betiğinin bilmediği olağandışı derleme ve ilintileme seçenekleri gerektirir. configure betiğinin iç dağişkenlerinin değerlerini ortamda atayarak bunları verebilirsiniz. Bir Bourne uyumlu kabuk kullanarak bunun gibi bir komut satırı ile bunu yapabilirsiniz:

    CC=c89 CFLAGS=-O2 LIBS=-lposix ./configure

env programı kullanılan bazı sistemlerde ise bunu şöyle yapabilirsiniz:

    env CPPFLAGS=-I/usr/local/include LDFLAGS=-s ./configure

Yapılandırma süreci Bash'i kurgulamak için varsa GCC'yi kullanır.