Bir kullanıcıyı sistemden kaldırmak için, ilk önce bu kullanıcıya ait ne varsa: dosyaları, posta kutuları, yazdırma işleri, cron ve at işleri ile kullanıcıya ait diğer her şey silinmelidir. Daha sonra /etc/passwd ve /etc/group dosyalarından ilgili satırlar kaldırılır (kullanıcının dahil olduğu bütün gruplardan ismini silmeyi unutmayın). Kullanıcının sisteme bağlanıp, silme işleri sırasında hesabı kullanmasını önlemek için; silme işlemlerine başlamadan önce, hesabı kapatmak daha iyi olabilir (Aşağıya, Bir kullanıcı hesabının geçici olarak kapatılması bölümüne bakınız).

Unutmayın ki kullanıcıların kendi ev dizinleri dışında da dosyaları olabilir. Bunları bulmak için find komutunu kullanın.

# find / -user username

Bunun yanında, üstteki komut, şayet çok büyük bir diskiniz varsa, oldukça uzun bir zaman alacaktır. Şayet ağ diskleri de bağlıysa çok dikkatli olun, sunucuyu veya ağı değersiz bir çöp yığınına çevirmeniz işten bile değildir.

Bazı Linux dağıtımları bu iş için deluser ya da userdel gibi özel komutlarla gelirler. Ancak elle yapmak da kolaydır ve bu komutlar herşeyi yapmayabilir.