Bir dosya diske yazılırken, yazma işlemi her zaman ardışık bloklar halinde gerçekleşmez. Ardışık bloklar halinde depolanmamış dosyalara parçalanmış dosyalar (fragmented files) denir. Bu tür dosyaların okunması daha uzun sürer, çünkü okuyucu kafa disk üzerinde daha fazla hareket etmek zorunda kalır. Bu durumdan kaçınabilmek arzu edilen bir durumdur, ama bununla birlikte disk üzerinde iyi bir tampon belleğe sahipseniz bu durum pek problem yaratmaz.

Ext2 dosya sistemi dosya parçalanması olayını minimumda tutabilmek için, dosyalar ardışık bloklara yazılamasa bile, mümkün olan en yakın bloklar içine yazma yapar. Ext2 etkin bir şekilde, boş blokları bir dosya içindeki bloklara en yakın yere yerleştirir. Ext2 için parçalanma problemi pek nadir olarak ortaya çıkan bir şeydir. Ext2 dosya sistemi için defrag isimli bir birleştirme programı vardır ve bu program oldukça etkilidir.

MS-DOS için de, blokları dosya sistemi içinde taşıyan, pek çok dosya birleştirme programı vardır. Diğer dosya sistemleri için ise izlenecek yol şöyledir: önce dosya sisteminin bir yedeği alınır, sonra dosya sistemi yeniden yaratılır ve yedekler geriye yüklenir. Dosya birleştirme öncesi sistemin yedeğini almak bütün dosya sistemleri için en iyi yöntemdir; Dosya birleştirme işlemi sırasında pek çok hata meydana gelebilir ve yahut yanlışlıklar olabilir.