CD'den bir uygulama çalıştırmak, özellikle eski dizüstü sistemlerde, tuhaf sorunlara sebep olabilir. Güç yönetiminin, bir Knoppix oturumunu karıştırması oldukça yaygındır. Makinayı uyandırdığınız zaman, Knoppix komutlara yanıt vermeyebilir. Bunun için bildiğim tek ilaç; güç yönetimini devre dışı bırakmaktır veya güç düğmesine basın ve sistemi yeniden başlatın.

Bazı zamanlarda, Knoppix sistem açılışı esnasında çakılır ve KDE veya başka bir X oturumunda asılı kalır. Birinci sanal konsola geçin (Ctrl + Alt + F1) ve sistem mesajlarına göz atın. Bunlardan problemin nerede olduğunu öğrenebilirsiniz. Geçerli X oturumuna dönmek için Alt+F5'e basın. Örneğin: benim test sistemlerinden birisi SCSI tespiti sırasında çakılıp kalıyordu. Neden? Kim bilir. Açılış komut satırından knoppix no scsi ile SCSI tespit işlemini iptal ettim ve sistem normale döndü.