Aslına bakarsanız Türkçe karakter probleminiz samba'yla ilgili değildir.
Eğer Linux üzerinde Türkçe yazabiliryorsaniz samba da sorunsuz çalışacaktır.
Linux üzerinde Türkçe yazmak için bir sürü belge var zaten. Tekrar burada
anlatmanın bir anlamı yok. Sonuç olarak kullandığınız linux altında
Türkçe yazabilmelisiniz ki samba da dosya isimleri sorunsuz görünsün.