Bazı sistemler configure betiğinin bilmediği
olağandışı derleme ve ilintileme seçenekleri gerektirir.
configure betiğinin iç dağişkenlerinin değerlerini
ortamda atayarak bunları verebilirsiniz. Bir Bourne uyumlu kabuk
kullanarak bunun gibi bir komut satırı ile bunu yapabilirsiniz:
CC=c89 CFLAGS=-O2 LIBS=-lposix ./configure
env programı kullanılan bazı sistemlerde ise
bunu şöyle yapabilirsiniz:
env CPPFLAGS=-I/usr/local/include LDFLAGS=-s ./configure
Yapılandırma süreci Bash'i kurgulamak için varsa GCC'yi kullanır.