Linux sistem saati daima doğru değildir. PC donanımı tarafından üretilen periyodik bir zaman kesmesinin çalıştırılması ile tutulur. Şayet sistemin yapması gereken pek çok iş var ise zaman kesmesinin kullanılması çok gecikebilir ve sistem saati geri kalabilir. Donanım saati bağımsız çalışır ve çok daha doğrudur. Şayet sisteminizi sık sık açarsanız (sunucu harici bilgisayarlarda olduğu gibi) saatiniz daha doğru olacaktır.

Şayet donanım saatini ayarlamak isterseniz, sistem enerjisini kapatıp BIOS ayarlarına girip orada gerekenleri yapın. Bu sistem saatini değişmesi sonucu ortaya çıkabilecek bütün sorunlardan sizi kurtarır. Şayet bu ayarları BIOS üzerinde yapma şansınız yoksa, sırasıyla date ve clock komutlarını kullanın ve bazı süreçlerin komik hareketlerine karşı sistemi yeniden başlatmaya hazır olun.

Donanım saatinizin, sistem saatinize ayarlanmasını diğer bir yolu ise, hwclock -w veya hwclock --systohc komutlarından birisini kullanmaktır. Eğer sistem saatinizin donanım saatinize göre ayarlanmasını istiyorsanız; hwclock -s veya hwclock --hctosys komutlarından birisini kullanmalısınız.