Bir yazılımla ilgili en sinir bozucu şey, programı özelleştirmek için büyük bir zaman ve çaba harcadıktan sonra, bir yükseltmenin (upgrade) tüm bunları boşa çıkarmasıdır. Debian bu sorunu yapılandırma dosyalarını imleyerek çözmektedir, böylece bir yükseltme yapmak istediğinizde eski yapılandırma dosyanızı korumak isteyip istemediğiniz sorulacaktır.
Bir pakette bunu yapmanın yolu conffiles dosyasının her satırına bir yapılandırma dosyasının tam dosya yolunu (genellikle /etc altında olurlar) girmektir. Gentoo'nun bir yapılandırma dosyası vardır, /etc/gentoorc ve onu conffiles dosyasında gireceğiz.
Eğer programınız yapılandırma dosyaları kullanıyor ve onların da üzerine kendisi yazıyorsa, dpkg her seferinde kullanıcıdan değişiklikleri onaylamasını isteyeceğinden, onları conffile dosyaları olarak imlemek iyi bir yöntem değildir.
Eğer paketlediğiniz program, çalışması için her kullanıcının yapılandırma dosyasını değiştirmesini gerektiriyorsa, gene onu bir conffile dosyası olarak imlemeyin.
Eğer programınızn bir conffile dosyası olarak imlenebilecek bir yapılandırma dosyası yoksa, gönül rahatlığıyla conffiles dosyasını debian/ dizininden silebilirsiniz.